ctdam.parser package

Submodules

• ctdam.parser.bottlefile module
  • BottleFile
    • BottleFile.create_dataframe()
    • BottleFile.adding_timestamp_column()
    • BottleFile.setting_dataframe_dtypes()
    • BottleFile.selecting_rows()
    • BottleFile.reading_data_header()
    • BottleFile.add_station_and_event_column()
    • BottleFile.add_position_columns()
• ctdam.parser.bottlelogfile module
  • BottleLogFile
    • BottleLogFile.data_whitespace_removal()
    • BottleLogFile.obtaining_reset_time()
    • BottleLogFile.create_list()
    • BottleLogFile.convert_date()
    • BottleLogFile.create_dataframe()
• ctdam.parser.casts module
  • Casts
    • Casts.convert()
    • Casts.check_converted_data()
    • Casts.read_sensor_info()
    • Casts.process()
    • Casts.plot()
    • Casts.to_tsv()
• ctdam.parser.cnvfile module
  • CnvFile
    • CnvFile.check_and_add_default_parameters()
    • CnvFile.create_dataframe()
    • CnvFile.absolute_time_calculation()
    • CnvFile.add_start_time()
    • CnvFile.get_processing_step_infos()
    • CnvFile.df2cnv()
    • CnvFile.array2cnv()
    • CnvFile.to_cnv()
    • CnvFile.to_ctd_data()
    • CnvFile.add_processing_metadata()
    • CnvFile.add_station_and_event_column()
    • CnvFile.add_position_columns()
    • CnvFile.add_cast_number()
• ctdam.parser.ctddata module
  • CTDData
    • CTDData.parameters
    • CTDData.metadata_source
    • CTDData.raw_sensor
    • CTDData.sensor_info
    • CTDData.processing_steps
    • CTDData.conductivity_on_creation
    • CTDData.cast_borders
    • CTDData.output_cnv_data
    • CTDData.output_parameters
    • CTDData.process()
    • CTDData.plot()
    • CTDData.get_cast_borders_dict()
    • CTDData.update_salinity()
    • CTDData.array2cnv()
    • CTDData.parse_output_sensor_info()
    • CTDData.get_processing_info()
    • CTDData.create_header()
    • CTDData.extra_data_table_desc()
    • CTDData.drop_flagged_rows()
    • CTDData.pick_output_columns()
    • CTDData.to_cnv()
    • CTDData.to_netCDF()
• ctdam.parser.datafiles module
  • DataFile
    • DataFile.path_to_file
    • DataFile.file_name
    • DataFile.file_dir
    • DataFile.raw_file_data
    • DataFile.header
    • DataFile.sbe9_data
    • DataFile.metadata
    • DataFile.metadata_list
    • DataFile.data_table_description
    • DataFile.sensor_data
    • DataFile.sensors
    • DataFile.processing_info
    • DataFile.data
    • DataFile.metadata
    • DataFile.start_time
    • DataFile.start_position
    • DataFile.cruise
    • DataFile.station
    • DataFile.event_name
    • DataFile.read_event_information()
    • DataFile.read_file()
    • DataFile.reading_start_time()
    • DataFile.reading_start_position()
    • DataFile.sensor_xml_to_flattened_dict()
    • DataFile.structure_metadata()
    • DataFile.define_output_path()
    • DataFile.to_csv()
    • DataFile.selecting_columns()
• ctdam.parser.file_collection module
  • get_collection()
  • FileCollection
    • FileCollection.extract_file_type()
    • FileCollection.collect_files()
    • FileCollection.load_files()
    • FileCollection.get_dataframes()
    • FileCollection.get_collection_dataframe()
    • FileCollection.tidy_collection_dataframe()
    • FileCollection.use_bad_flag_for_nan()
    • FileCollection.set_dtype_to_float()
    • FileCollection.select_real_scan_data()
    • FileCollection.to_csv()
  • CnvCollection
    • CnvCollection.get_dataframes()
    • CnvCollection.get_data_table_meta_info()
    • CnvCollection.get_array()
    • CnvCollection.get_processing_steps()
  • HexCollection
    • HexCollection.get_xmlcons()
• ctdam.parser.geomar_ctd_file_parser module
  • GEOMARCTDFile
    • GEOMARCTDFile.read_file()
    • GEOMARCTDFile.create_dataframe()
• ctdam.parser.hexfile module
  • HexFile
    • HexFile.get_corresponding_xmlcon()
• ctdam.parser.parameter module
  • Parameters
    • Parameters.get_param_types()
    • Parameters.get_data_length()
    • Parameters.get_full_data_array()
    • Parameters.get_names()
    • Parameters.get_metadata()
    • Parameters.get_parameter_list()
    • Parameters.set_sample_rate()
    • Parameters.get_sample_rate()
    • Parameters.create_full_ndarray()
    • Parameters.sort_parameters()
    • Parameters.create_parameter_instances()
    • Parameters.add_parameter()
    • Parameters.create_parameter()
    • Parameters.add_default_metadata()
    • Parameters.update_spans()
    • Parameters.get_spans()
    • Parameters.get_pandas_dataframe()
    • Parameters.with_name_type()
    • Parameters.reading_data_header()
    • Parameters.calculate_depth()
  • Parameter
    • Parameter.get_pandas_series()
    • Parameter.use_name()
    • Parameter.parse_to_float()
    • Parameter.update_span()
    • Parameter.set_output_format()
• ctdam.parser.processing_steps module
  • CnvProcessingSteps
    • CnvProcessingSteps.get_names()
    • CnvProcessingSteps.extract_individual_modules()
    • CnvProcessingSteps.create_step_instance()
    • CnvProcessingSteps.get_step()
    • CnvProcessingSteps.add_info()
  • ProcessingStep
• ctdam.parser.xmlfiles module
  • XMLFile
    • XMLFile.to_xml()
    • XMLFile.to_json()
  • XMLCONFile
    • XMLCONFile.get_sensor_info()
  • PsaFile

Module contents